Un Bonsai shito (o bonsai keshitsuba) es aquel que mide menos de 5 cm. Son los más difíciles de cuidar debido a su tamaño.
Para conseguir que un microbonsái es importante que desde la semilla se encuentre en una maceta minúscula. El tamaño tan reducido de esta maceta, supondrá que las cantidades de abono y de agua serán muy pequeñas y tardarán poco es consumirse, por ello, la frecuencia de abonado y de regado debe ser muy superior a la de un bonsái de un tamaño medio.
Estos bonsáis es un verdadero reto y suelen cultivarse varios al mismo tiempo, debido al poco espacio que ocupan.
Podemos tener bonsáis shitos en el exterior, pero debemos de estar muy pendientes de ellos, debido a que, al ser tan pequeños, los factores ambientales suponen una mayor amenaza.